As antigas formas de inteligência artificial são o resultado de um projeto iniciado nos anos 80 por um grupo de estudantes logo depois fechado por falta de condições financeiras. Desde então, esses dados esquecidos tem crescido dentro da rede junto das informações jogadas na internet que ganhou força nos anos 90 formando os Digimons.
No fim dos anos 90, esses digimons dentro da rede começaram a ultrapassar a barreira dos dois mundos aparecendo no mundo real através da materialização orgânica de seus dados e assim começando os primeiros ataques de digimons no mundo real. Para cuidar desses casos, foi criada uma organização governamental chamada Hypnos, responsável por monitorar a movimentação dos digimons (chamados por eles de selvagens ou Wild One) dentro da rede para o mundo real.
A história se passa no oeste de Shinjuku, em Tóquio. O personagem principal é Takato Matsuda, um garoto de 10 anos que tem uma vida normal e é fanático por jogo de cartas de digimon. Tudo começa quando ele encontra em meio a suas cartas de digimon, um misterioso cartão azul que se transforma no seu digivice D-Ark, um aparelho arredondado com um leitor de cartas ao lado. Quando Takato passa no leitor desse digivice o desenho do digimon que ele criou, nasce Guilmon, um digimon feito das informações do desenho de Takato. Até então, Takato nunca imaginou que digimons poderiam existir, é como se ele estivesse vivendo uma fantasia.

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